ראש הממשלה בנימין נתניהו הוא ככל הנראה זה שאישר את עסקת מכירת הצוללות הגרמניות למצרים, כך עולה מעדותו של עמוס גלעד, ראש האגף המדיני-בטחוני במשרד הביטחון לשעבר. על פי העדות, גלעד העלה בפני הגרמנים הסתייגות ממכירת צוללות שלהן יכולות שעלולות לסכן את ביטחון ישראל למצרים, ונאמר לו כי נתניהו בעצמו אישר את העסקה. גלעד העיד כי פנה לכריסטוף אויסגן, יועצה של קנצלרית גרמניה אנגלה מרקל, בתהייה לגבי מכירת הצוללות. לדבריו, אויסגן שאל אותו בתגובה "האם אתה יודע מה קורה במדינה שלך?". לדבריו של גלעד, אויסגן הוסיף כי אף שגרמניה אינה זקוקה לאישור מישראל בעניינים אלו, היא התחשבה ביחסים המיוחדים בין המדינות וביקשה הסכמה למכירה - שאושרה על ידי נתניהו בעצמו. כזכור, ראש הממשלה הכחיש בעבר כל קשר לפרשת הצוללות, וטען שמעולם לא ביקשו את אישורו לביצוע העסקה. ממשרד ראש הממשלה נמסר בתגובה כי: "מדובר בניסיון סרק נואש להנשים פרשה ששבקה חיים". בשבוע שעבר נחשף בחדשות 13 כי ראש הממשלה החזיק עד לשנת 2010, בשותפות עם בן דודו, נתן מיליקובסקי, מניות בחברה שסיפקה שירותים לחברת "טינסקרופ" הגרמנית, שעומדת במרכז פרשת הצוללות. כעת, הפרקליטות בודקת את הקשר בין המניות שהחזיק נתניהו לפרשת הצוללות, שיכולה לקשר אותו לפרשה. לפני כחודש וחצי, נתניהו ביקש מוועדת ההיתרים של משרד מבקר המדינה שמיליקובסקי ייטול חלק ממימון משפטו. הוועדה דחתה לאחרונה את בקשה, וציינה כי בשנת 2009, הוועדה קיבלה בקשה אחרת של נתניהו שבן דודו ישלם לו מס על מניות שנתניהו החזיק בחברה לייצור פלדה יחד עמו ומכר אותן. כאמור, אחת הלקוחות העיקריים של אותה חברה לייצור פלדה היא "טיסנקרופ". בעקבות העובדה שצוינה בדוח ועדת ההיתרים, מבקר המדינה העביר לאחרונה את אותה בקשה של נתניהו לפרקליט המדינה שי ניצן והיועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט, ובפרקליטות החליטו להתחיל לבדוק את העניין. יש לציין כי זוהי בדיקה ראשונית בלבד ולא חקירה פלילית, וייתכן שמיליקובסקי יזומן בעתיד להעיד. באחד הביקורים של גלעד, על פי עדותו, המצרים תקפו אותו בחריפות על רקע עמדתו שלא לאשר את מכירת הצוללות. המצרים טענו בפניו כי הם חשבו שהוא בצד שלהם וניסו להבין למה הוא לא מוכן לאשר את העסקה. גלעד, מצידו, התגונן ואמר כי הוא מייצג את מדינת ישראל וביקש להבין למה הם צריכים את הצוללות. פרט נוסף שעלה בעדות הוא שכאשר גלעד פגש לראשונה את מיקי גנור, נציג חברת "טיסנקרופ", האחרון ניגש אליו ושאל אותו מדוע הוא מסרב לעסקה עם מצרים ולחץ עליו בעקיפין לרכך את עמדתו בנושא.